====== Beagle ======
/* Description */
Beagle version 4.0 performs genotype calling, genotype phasing, imputation of ungenotyped markers, and identity-by-descent segment detection.

  * Site web : http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html
  * Versions installées :
    * 4.0

Les données //human genetic maps// et //human reference panel// ont été téléchargés sur CALI, voir le dossier  ''/opt/software/beagle''.
===== Citation =====
<QUOTE>
If you use Beagle in a published analysis, please report the program version and cite the following article:

S R Browning and B L Browning (2007) Rapid and accurate haplotype phasing and missing data inference for whole genome association studies by use of localized haplotype clustering. Am J Hum Genet 81:1084-97. doi:10.1086/521987
</QUOTE>
===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Beagle// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //Beagle// dans une version particulière :
  module load bio/beagle/4.0

Le module positionne la variable d'environnement ''$BEAGLE_LIB'', qui pointe sur le dossier contenant les fichiers //jar// de Beagle. Pour exécuter, vous devrez donc faire par exemple : 
  java -jar ${BEAGLE_LIB}/beagle.r1398.jar gt=... out=...

==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */