====== Bedtools ======

/* Description */
Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genome. For example, bedtools allows one to intersect, merge, count, complement, and shuffle genomic intervals from multiple files in widely-used genomic file formats such as BAM, BED, GFF/GTF, VCF.

  * Site web : https://github.com/arq5x/bedtools2
  * Documentation : http://bedtools.readthedocs.org
  * Versions installées :
    * 2.21.0
    * 2.27.1
===== Citation =====
Extrait des conditions d'utilisation de //bedtools// :

<code>
Please cite the following article if you use BEDTools in your research*:
  Quinlan AR and Hall IM, 2010. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. 
  Bioinformatics. 26, 6, pp. 841â<80><93>842. 

Also, if you use *pybedtools*, please cite the following.
  Dale RK, Pedersen BS, and Quinlan AR. Pybedtools: a flexible Python library for manipulating genomic datasets 
  and annotations. Bioinformatics (2011). doi:10.1093/bioinformatics/btr539
</code>

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Bedtools// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //bedtools// en version 2.21.0 :
  module load bio/bedtools/2.21.0