====== blat ======


/* Description */
BLAT on DNA is designed to quickly find sequences of 95% and greater similarity of length 25 bases or more. It may miss more divergent or shorter sequence alignments. It will find perfect sequence matches of 20 bases. BLAT on proteins finds sequences of 80% and greater similarity of length 20 amino acids or more. In practice DNA BLAT works well on primates, and protein blat on land vertebrates.

  * Site web : 
    * http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
    * http://users.soe.ucsc.edu/~kent/
  * Versions installées :
    * 35


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Blat// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //blat// en version 35 :
  module load bio/blat/35

==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */