====== BWA ======

/* Description */
BWA is a software package for mapping DNA sequences against a large reference
genome, such as the human genome.

  * Site web : http://bio-bwa.sourceforge.net/
  * Versions installées :
    * 0.7.10 

===== Citation =====
Les auteurs demandent la citation de leur article si vous utilisez des résultats de BWA dans vos propres publications : 

If you use the BWA-backtrack algorithm :
  Li H. and Durbin R. (2009) Fast and accurate short read alignment with
  Burrows-Wheeler transform. *Bioinformatics*, **25**, 1754-1760. [PMID:
  [19451168][10]]. 

If you use the BWA-SW algorithm :
  Li H. and Durbin R. (2010) Fast and accurate long-read alignment with
  Burrows-Wheeler transform. *Bioinformatics*, **26**, 589-595. [PMID:
  [20080505][11]].

If you use the BWA-MEM algorithm or the **fastmap** command, or want to cite the whole BWA package :
  Li H. (2013) Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs
  with BWA-MEM. [arXiv:1303.3997v2][12] [q-bio.GN]. 

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

Par exemple : 
  module load bio/bwa/0.7.10
  
Ou pour charger tous l'environnement de Biologie avec les versions par défaut :
  module load bio