====== Cufflinks ======

/* Description */
Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one, taking into account biases in library preparation protocols. 

  * Site web : http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
  * Versions installées :
    * 2.2.1


__Note__ La version installée est la version livrée sous forme de binaires pré-compilés, l'installation à partir des sources se révélant problématique.


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Cufflinks// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //cufflinks// en version 2.2.1 :
  module load bio/cufflinks/2.2.1