====== gatk ======
The Genome Analysis Toolkit or GATK is a software package developed at the [[https://www.broadinstitute.org/ | Broad Institute]] to analyze high-throughput sequencing data. The toolkit offers a wide variety of tools, with a primary focus on variant discovery and genotyping as well as strong emphasis on data quality assurance. Its robust architecture, powerful processing engine and high-performance computing features make it capable of taking on projects of any size.

  * Site web : https://www.broadinstitute.org/gatk/
  * Versions installées :
    * 3.2-2 (GATK et Queue)
    * 3.7 (GATK et Queue) :!: nécessite en plus le chargement de [[../Java]] 1.8


===== Conditions d'utilisation =====
La licence est valide pour un **usage académique de recherche hors contrat**.

Extrait de la licence :

LICENSEE agrees to include appropriate attribution if any results obtained from use of the PROGRAM are included in any publication.

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//gatk// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //bedtools// en version 3.2-2 :
  module load bio/gatk/3.2-2

==== Lancer GATK ou QUEUE ====

Gatk (ou Queue) est une librairie JAVA. Vous devez suivre la documentation de gatk pour apprendre à lancer les commandes. Sur CALI, les fichier JAR sont installés sous le dossier ''$GATK_HOME'', la commande java devient alors : 
  java -jar $GATK_HOME/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam

avec dans cet exemple : 
  * ''-T CountReads'' specifies which analysis tool we want to use
  * ''-R exampleFASTA.fasta'' specifies the reference sequence
  * ''-I exampleBAM.bam'' specifies the file of aligned reads we want to analyze.
==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */