====== MapSplice ======

MapSplice is a software for mapping RNA-seq data to reference genome for splice junction discovery that depends only on reference genome, and not on any further annotations.

  * Site web : http://www.netlab.uky.edu/p/bioinfo/
  * Versions installées :
    * 2.1.8


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//MapSplice// **n'est pas** dans l'ensemble par défaut de ''bio''. En effet, ce logiciel embarque sa propre version de //samtools// et de //bowtie//. Il y a donc incompatibilité entre le chargement de cet environnement et celui de ces autres logiciels :!:

Pour charger //MapSplice//, dans sa version par défaut : 
  module load bio/mapsplice

Pour charger seulement l'environnement de //MapSplice// en version 2.1.8 :
  module load bio/mapsplice/2.1.8


==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */