====== Picard ======
/* Description */
A set of Java command line tools for manipulating high-throughput sequencing data (HTS) data and formats.

Picard is implemented using the HTSJDK Java library HTSJDK, supporting accessing of common file formats, such as SAM and VCF, used for high-throughput sequencing data.


  * Site web : http://broadinstitute.github.io/picard/
  * Versions installées :
    * 1.125


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Picard// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //Picard// dans une version particulière :
  module load bio/Picard/1.125

==== Exécution des commandes Picard ====
La documentation de //Picard// pour exécuter les commandes ne semble pas exacte. Un seul fichier JAR existe, et le nom de la commande devient le premier argument.

  java -jar $PICARD <commande> <options>

Exemple : 
  java -jar $PICARD AddCommentsToBam INPUT=entree.bam OUTPUT=sortie.bam COMMENT="Test de Picard"