====== Samtools ======

/* Description */
Samtools is a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data. It consists of three separate software suites : //Samtools//, //BCFtools// and the //HTSlib// library.

  * Samtools : Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format
  * BCFtools : Reading/writing BCF2/VCF/gVCF files and calling/filtering/summarising SNP and short indel sequence variants
  * HTSlib : A C library for reading/writing high-throughput sequencing data


  * Site web : http://www.htslib.org/
  * Versions installées :
    * 1.1

Les trois composants sont installés ensemble.


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//Samtools// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //samtools// en version 1.1 :
  module load bio/samtools/1.1