====== TopHat ======

/* Description */
TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner [[logiciels:bio:Bowtie]], and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons.

  * Site web : http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml
  * Versions installées :
    * 2.0.13 (version GNU x86_64)


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//TopHat// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //tophat// en version 2.0.13 :
  module load bio/tophat/2.0.13

==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */