====== NWChem ====== /* Description */ NWChem aims to provide its users with computational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational chemistry problems efficiently, and in their use of available parallel computing resources from high-performance parallel supercomputers to conventional workstation clusters. * Site web : http://www.nwchem-sw.org/index.php/Main_Page * Versions installées : * 6.5, compilé sans support de SCALAPACK, sans MKL (BLAS interne) et mode MPI "MPI-MT" Variables définies pour préparer la compilation : export NWCHEM_TOP=$(pwd) export NWCHEM_TARGET=LINUX64 export ARMCI_NETWORK=MPI-MT export USE_MPI=y export USE_MPIF=y # Pas de USE_MPIF4=y, on utilise la lib MPI compatible integer*8 (-ilp64) export LIBMPI="\ -L${I_MPI_ROOT}/intel64/lib/release -L${I_MPI_ROOT}/intel64/lib \ -Xlinker --enable-new-dtags \ -Xlinker -rpath -Xlinker ${I_MPI_ROOT}/intel64/lib/release \ -Xlinker -rpath -Xlinker ${I_MPI_ROOT}/intel64/lib \ -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/5.0/intel64/lib/release \ -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/5.0/intel64/lib \ -lmpi_ilp64 -lmpifort -lmpi_mt -lmpigi -ldl -lrt -lpthread" export MPI_LIB=${I_MPI_ROOT}/intel64/lib export MPI_INCLUDE=${I_MPI_ROOT}/intel64/include export NWCHEM_MODULES="all python" export PYTHONHOME=/usr export PYTHONVERSION=2.6 export USE_PYTHON64=y export PYTHONLIBTYPE=so # Pas de BLASOPT # Pas de USE_SCALAPACK export NWCHEM_MPIF_WRAP="${I_MPI_ROOT}/bin64/mpiifort -mt_mpi -ilp64" export NWCHEM_MPIC_WRAP="${I_MPI_ROOT}/bin64/mpiicc -mt_mpi -ilp64" export NWCHEM_MPICXX_WRAP="${I_MPI_ROOT}/bin64/mpiicpc -mt_mpi -ilp64" ===== Citation ===== Please cite the following reference when publishing results obtained with NWChem: M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski, T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong, "NWChem: a comprehensive and scalable open-source solution for large scale molecular simulations" Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010) ===== Utilisation ===== ==== Sélection de la version ==== Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]] Par exemple : module load nwchem :!: Ce logiciel est compilé dynamiquement avec la librairie MKL, le module ''intel/composer/xe_2015.0.090'' doit être également chargé (chargé par défaut sur CALI). ==== Travailler avec slurm ==== /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ /* Exemples de batch spécifiques */