Table des matières

bcl2fastq

Logiciel de transformation de format des données de séquençage génétique.

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

bcl2fastq a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger seulement l'environnement de bcl2fastq dans une version particulière :

module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

Utilisation avec slurm

Le logiciel bcl2fastq fonctionne par défaut en multi-threadé, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de le logiciel avec les bonnes options :!:

Les options suivantes doivent être utilisées avec bcl2fastq :

Exemple de fichier slurm

#!/bin/bash
#
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=300
#SBATCH --time 01:00:00

module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

./bcl2fastq --loading-threads 2 \
  --demultiplexing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --processing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --writing-threads 2