blat

BLAT on DNA is designed to quickly find sequences of 95% and greater similarity of length 25 bases or more. It may miss more divergent or shorter sequence alignments. It will find perfect sequence matches of 20 bases. BLAT on proteins finds sequences of 80% and greater similarity of length 20 amino acids or more. In practice DNA BLAT works well on primates, and protein blat on land vertebrates.

• Site web :
  • http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
  • http://users.soe.ucsc.edu/~kent/
• Versions installées :
  • 35

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Blat a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de blat en version 35 :

module load bio/blat/35