BWA

BWA is a software package for mapping DNA sequences against a large reference genome, such as the human genome.

• Site web : http://bio-bwa.sourceforge.net/
• Versions installées :
  • 0.7.10

Les auteurs demandent la citation de leur article si vous utilisez des résultats de BWA dans vos propres publications :

If you use the BWA-backtrack algorithm :

Li H. and Durbin R. (2009) Fast and accurate short read alignment with
Burrows-Wheeler transform. *Bioinformatics*, **25**, 1754-1760. [PMID:
[19451168][10]]. 

If you use the BWA-SW algorithm :

Li H. and Durbin R. (2010) Fast and accurate long-read alignment with
Burrows-Wheeler transform. *Bioinformatics*, **26**, 589-595. [PMID:
[20080505][11]].

If you use the BWA-MEM algorithm or the fastmap command, or want to cite the whole BWA package :

Li H. (2013) Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs
with BWA-MEM. [arXiv:1303.3997v2][12] [q-bio.GN]. 

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load bio/bwa/0.7.10

Ou pour charger tous l'environnement de Biologie avec les versions par défaut :

module load bio