Picard

A set of Java command line tools for manipulating high-throughput sequencing data (HTS) data and formats.

Picard is implemented using the HTSJDK Java library HTSJDK, supporting accessing of common file formats, such as SAM and VCF, used for high-throughput sequencing data.

Site web : http://broadinstitute.github.io/picard/
Versions installées :
- 1.125

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Picard a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de Picard dans une version particulière :

module load bio/Picard/1.125

Exécution des commandes Picard

La documentation de Picard pour exécuter les commandes ne semble pas exacte. Un seul fichier JAR existe, et le nom de la commande devient le premier argument.

java -jar $PICARD <commande> <options>

Exemple :

java -jar $PICARD AddCommentsToBam INPUT=entree.bam OUTPUT=sortie.bam COMMENT="Test de Picard"