Samtools

Samtools is a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data. It consists of three separate software suites : Samtools, BCFtools and the HTSlib library.

• Samtools : Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format
• BCFtools : Reading/writing BCF2/VCF/gVCF files and calling/filtering/summarising SNP and short indel sequence variants
• HTSlib : A C library for reading/writing high-throughput sequencing data

• Site web : http://www.htslib.org/
• Versions installées :
  • 1.1

Les trois composants sont installés ensemble.

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Samtools a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de samtools en version 1.1 :

module load bio/samtools/1.1