TopHat

TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons.

• Site web : http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml
• Versions installées :
  • 2.0.13 (version GNU x86_64)

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

TopHat a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de tophat en version 2.0.13 :

module load bio/tophat/2.0.13