IGOR

IGoR is a C++ software designed to infer V(D)J recombination related processes from sequencing data such as:

• Recombination model probability distribution
• Hypermutation model
• Best candidates recombination scenarios
• Generation probabilities of sequences (even hypermutated)

• Site web : https://github.com/qmarcou/IGoR/
• Versions installées :
  • 1.4.0

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load igor/1.4.0

Par défaut, IGoR est compilé avec OpenMP et utilise le nombre max de threads.

Autrement dit, si vous soumettez un job qui ne réserve qu'un seul CPU/coeur, et que vous lancez simplement igor, le programme va détecter 16 CPUs sur le noeud de calcul. Igor lancera alors 16 threads OpenMP. Mais Slurm limite votre job a un seul CPU : donc les 16 threads vont en réalité s'exécuter sur un seul coeur, ce qui ralentira considérablement l'exécution.

Quand vous utilisez igor en lançant un job sous slurm, vous devez donc :

1. faire une réservation en demandant un certains nombre de coeurs. Exemple si vous voulez demander 8 coeurs (cpu) :

   #SBATCH --ntasks=1
   #SBATCH --cpus-per-task=8

2. et ajouter l'option -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK lors de l'appel à igor

Référence : https://qmarcou.github.io/IGoR/#general-commands-summary

Les sources ont été compilées avec GCC 6.4, les versions compilées avec GCC 8 ou 9 “plantent”.