Table des matières

ORCA

La licence d'Orca permet son utilisation dans un cadre de recherche seulement.

Citation

Extrait de la licence d'utilisation : 

4.If results obtained with ORCA package are published in scientific literature, 
you will reference the program as F. Neese: The ORCA program system (WIREs Comput Mol Sci 2012, 2: 73-78). 
Using specific methods included in ORCA may require citing additional articles, as described in the manual.
You agree to honor the request to cite additional papers as appropriate.

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Les versions MPI d'Orca sont liées à la librairie OpenMPI, qui n'est pas la librairie MPI usuelle sur notre cluster. Lorsque vous chargerez le module d'Orca, celui-ci va également charger le module MPI convenable, ce qui va donc changer aussi votre environnement pour MPI

Par exemple : 

module load orca

Exemple d'utilisation en mode séquentiel

Vous devez créer un fichier Orca, par exemple fichier_entree.inp

Ensuite, créer un fichier batch pour slurm sur l'exemple suivant 

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=24h
#SBATCH --qos=24h
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=100
#SBATCH --time=6:00:00

module load orca
orca fichier_entree.inp

Exemple d'utilisation en mode parallèle

Consultez la documentation d'Orca.

Votre fichier de commande Orca doit contenir l'une des syntaxes suivantes. Ici, on demande une parallélisation sur 4 processeurs : 

! PAL4
   # everything from PAL2 to PAL8 is recognized
%pal nprocs 4
      end

Et le fichier de commande slurm : 

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=24h
#SBATCH --qos=24h
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --mem-per-cpu=200
#SBATCH --time=04:00:00

module load orca

srun $ORCA_BIN/orca fichier_entree.inp