Table des matières

R

R is a free software environment for statistical computing and graphics.

Compilateur et librairies mathématiques utilisés :

Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

Des packages additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.

Module parallèle Rmpi

Rmpi est installé.

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load R/3.1.1

Dépendances

  1. L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un environnement configuré pour ce compilateur sinon vous aurez une erreur … error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file …

Utilisation en mode batch

Vous devez :

  1. créer un fichier de commandes R
  2. puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier

Exemple :

Modules additionnels de R

Des modules additionnels de R, issus du CRAN, ont été installés dans les librairies systèmes. Pour connaître la liste des modules disponibles, vous pouvez utilisez la commande installed.packages de R.

En plus des emplacements systèmes, d'autres dépôts de modules sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier .Renviron dans votre home directory.