R

R is a free software environment for statistical computing and graphics.

• Site web : http://www.r-project.org/
• Versions :
  • 3.0.3
  • 3.1.1 (version par défaut)
  • 3.1.2
  • 3.2.2
  • 3.2.3-gnu
  • 3.4.2
  • 3.5.3-gnu+mkl
  • 4.0.0-gnu+mkl
  • 4.1.0-gnu+mkl

Compilateur et librairies mathématiques utilisés :

• sans autre indication, R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP
• les versions -gnu sont compilées avec la suite de compilateurs GNU, éventuellement avec la librairie Intel MKL (+mkl)

Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

Des packages additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.

Rmpi est installé.

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load R/3.1.1

Dépendances

1. L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un environnement configuré pour ce compilateur sinon vous aurez une erreur … error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file …

Vous devez :

1. créer un fichier de commandes R
2. puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier

Exemple :

• Fichier d'input hello.r

  print ('Hello')
  q(save="no")

• Fichier batch pour slurm hello.sbatch

  #!/bin/bash
  #SBATCH --job-name=hello_R
  #SBATCH --partition=rapide
  #SBATCH --qos=rapide
  # !! Si vous faites des "vrais" calculs : donner le nombre de CPU, le temps et la mémoire nécessaires
  
  module load R/3.1.1
  
  R --no-save < hello.r

• Et on soumet le batch

  sbatch hello.sbatch

Des modules additionnels de R, issus du CRAN, ont été installés dans les librairies systèmes. Pour connaître la liste des modules disponibles, vous pouvez utilisez la commande installed.packages de R.

En plus des emplacements systèmes, d'autres dépôts de modules sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier .Renviron dans votre home directory.

• Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix

  R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix