VMD

VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting

Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il peut utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l'utiliser sous slurm, en demandant l'accès aux noeuds GPU et en mode interactif.

• Site web : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
• Versions installées :
  • 1.9.1

Si vous utilisez VMD, il vous est demandé de le citer dans vos articles de recherche. Voir les instructions http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/cite.html

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load vmd/1.9.1

VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster.

Nous allons ici utiliser un mode interactif de slurm, et non pas le mode batch.

En pré-requis, vous devez avoir ouvert une session avec le support X11 sur le frontal (Utilisation de NX, connexion avec l'option -X de ssh, …).

Une fois connecté au frontal :

module load vmd
srun.x11 --gres=gpu -p gpu
# Une fois le shell établi avec un noeud de calcul :
vmd

Cette commande srun demande :

• une CPU (valeur par défaut) sur la partition gpu, celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla
• la réservation d'une GPU
• le déport d'affichage X11
• puis lance un shell interactif, dans lequel vous pouvez exécuter vmd

Si un noeud est libre sur la partition gpu, le shell interactif se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente…