Intel MPI

L'implémentation Intel MPI est était la version MPI à utiliser préférentiellement sur CALI. La version utilisée par défaut est la version 5.0, qui implémente la norme MPI 3.0.

Concernant la librairie Intel MPI :

• La documentation de référence est disponible chez Intel : https://software.intel.com/en-us/articles/intel-mpi-library-documentation
• Vous pouvez aussi la consulter sur CALI : http://cali2.unilim.fr/intel-mpi/Doc_Index.html

Pour comprendre pourquoi il est était préférable d'utiliser Intel MPI, il faut connaître le réseau Infiniband de notre cluster

• Les cartes de connexion au réseau Infiniband sont des Host Channel Adapter (HCA) QLogic IBA7322 QDR et le commutateur est un Intel True Scale 12300
• Ce réseau est basé sur l'architecture Intel True Scale
• Pour obtenir la meilleure performance sur ce réseau, il faut utiliser la couche logicielle Performance Scaled Messaging (PSM)
• La librairie Intel MPI est configurée pour utiliser PSM (voir article Fabric)

• Fonctionne en mode non connecté, assurant ainsi une plus faible latence
• Optimisation grâce à PSM, plus performant que la librairie verbs traditionnelle utilisée précédemment en Infiniband

• L'environnement pour utiliser les librairies MPI est paramétré sur CALI à travers des modules
• Vous ne devez donc pas suivre la documentation d'Intel concernant la configuration de votre environnement (n'utilisez pas mpivars.sh)
• Le module pour la dernière version stable d'Intel MPI est automatiquement chargé quand vous vous connectez à CALI

Pour compiler votre programme MPI, il faut utiliser les commandes mpixxxx, où xxxx est le nom du “vrai” compilateur que vous désirez utiliser. Exemples :

• mpiifort pour utiliser le compilateur Intel Fortran ifort
• mpiicc pour utiliser le compilateur Intel C/C++ icc
• mpigcc pour utiliser le compilateur GNU C

La compilation est faite par défaut avec la librairie MPI threadée.

• Vous pouvez utiliser des appels MPI à l'intérieur de sections OpenMP
• Mais vous devez dans ce cas précis utiliser la version thread-safe de la librairie MPI via -mt_mpi
• Notez bien que ce cas ne concerne pas les codes ayant des sections OpenMP dans des processus MPI sans appel MPI à l'intérieur de ces sections

• Sur notre cluster, l'exécution du code MPI est prise en charge par la commande srun
• Au sein d'un fichier batch, la commande trouvera automatiquement le nombre adéquat de processus à lancer, en fonction des ressources demandées
• L'environnement est configuré via les module pour qu'Intel MPI utilise la librairie PMI (Process Management Interface) de slurm (variable I_MPI_PMI_LIBRARY)

Un exemple de fichier batch est disponible sur slurm-mpi

• L'article Fabric indique comment la librairie Intel MPI sélectionne la Fabric