Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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cali2-b:start [2022/02/15 18:43] montap01 créée |
cali2-b:start [2023/01/03 15:07] montap01 [CALI VERSION 2-B] |
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
~~SLIDESHOW yatil~~ | ~~SLIDESHOW yatil~~ | ||
====== CALI VERSION 2-B ====== | ====== CALI VERSION 2-B ====== | ||
- | Une évolution logicielle est en préparation | + | Une évolution logicielle |
- | Une phase transitoire est en cours, avec d'un côté, le cluster CALI dans son ancienne version (version '' | + | Vous trouverez ici les éléments importants à prendre |
- | Vous trouverez ici les éléments importants à prendre en compte pendant cette période. | + | ===== Connexion aux clusters ===== |
- | ===== Connexion | + | ==== Connexion |
- | Nom DNS pour se connecter : '' | + | Nom DNS pour se connecter : '' |
- | Comme sur CALI2, la connexion est possible : | + | La connexion est possible : |
* Par SSH | * Par SSH | ||
* Par X2GO | * Par X2GO | ||
+ | |||
+ | ==== Connexion à " | ||
+ | Nom DNS : '' | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | Dans la suite, nous indiquons les différences entre l' | ||
+ | </ | ||
===== Espaces de stockage ===== | ===== Espaces de stockage ===== | ||
Ligne 18: | Ligne 25: | ||
Le //home directory// **n' | Le //home directory// **n' | ||
* Vous pouvez retrouver l' | * Vous pouvez retrouver l' | ||
- | * Depuis CALI2, vous ne pouvez pas accéder au home de CALI2-B | + | * Depuis CALI2-A, vous ne pouvez pas accéder au home de CALI2-B |
==== Espace scratch ==== | ==== Espace scratch ==== | ||
L' | L' | ||
- | * Identique à celui de CALI2 | + | * Identique à celui de CALI2-A |
* Accessible via le lien '' | * Accessible via le lien '' | ||
- | ===== Choix de l' | + | ===== Choix de l' |
- | Comme sur CALI, la commande '' | + | La commande '' |
- | A la différence de CALI2, aucun module n'est chargé par défaut. | + | A la différence de CALI2-A, aucun module n'est chargé par défaut. |
+ | ===== Slurm ===== | ||
+ | L' | ||
+ | * mêmes partitions | ||
+ | * mêmes limites | ||
+ | |||
+ | Accès aux GPU : la partition '' | ||
+ | * vous pouvez indiquer précisément le type de carte voulue -- modifier la réservation pour ajouter le type : '' | ||
+ | * les cartes GTX1080Ti sont mises à disposition par des laboratoires qui les ont financés -- en contre-partie, | ||
===== Compilateurs ===== | ===== Compilateurs ===== | ||
==== Suite GNU ==== | ==== Suite GNU ==== | ||
- | * Vous disposez nativement de la suite GNU (gcc, g++, gfortran), en version | + | * Vous disposez nativement de la suite GNU (gcc, g++, gfortran), en version |
- | * Si vous avez besoin d' | + | * Si vous avez besoin d' |
==== Suite INTEL ==== | ==== Suite INTEL ==== | ||
* Les anciennes versions des compilateurs Intel sont toujours disponibles -- voir les versions disponibles avec '' | * Les anciennes versions des compilateurs Intel sont toujours disponibles -- voir les versions disponibles avec '' | ||
- | * Une nouvelle version, la suite OneAPI, a été installée | + | * Une nouvelle version, la suite OneAPI, a été installée |
===== MPI ===== | ===== MPI ===== | ||
- | Comme sur CALI2, deux familles de librairies MPI sont mises à disposition : OpenMPI et Intel MPI | + | Deux familles de librairies MPI sont mises à disposition : OpenMPI et Intel MPI |
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Avertissement ==== | ||
+ | Une partie des noeuds du cluster est relié par un réseau haute performance Infiniband, de technologie //QLogic TrueScale// ou //Intel Infinipath// | ||
+ | |||
+ | La meilleure façon de faire fonctionner ce réseau consiste à utiliser une API appelée '' | ||
==== OpenMPI ==== | ==== OpenMPI ==== | ||
+ | Trois versions sont réellement disponibles : | ||
+ | * celle livrée par AlmaLinux 8 -- à charger avec '' | ||
+ | * deux versions (3.1 et 4.1) recompilées -- à charger avec '' | ||
+ | |||
+ | La configuration qui semble optimale avec OpenMPI est d' | ||
+ | <file bash> | ||
+ | export OMPI_MCA_pml=ucx | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Si vous avez besoin de déboguer la couche OpenMPI, vous pouvez ajouter ces variables : | ||
+ | <file bash> | ||
+ | export OMPI_MCA_pml_base_verbose=10 | ||
+ | export OMPI_MCA_mtl_base_verbose=10 | ||
+ | export OMPI_MCA_btl_base_verbose=10 | ||
+ | </ | ||
+ | ==== Intel MPI ==== | ||
+ | __Avertissement__ La librairie Intel MPI semble moins efficace qu' | ||
+ | |||
+ | Plusieurs versions sont disponibles : | ||
+ | * les ancienns versions de CALI2-A sont toujours disponibles -- voir les versions avec '' | ||
+ | * une version issue de OneAPI est aussi disponible : '' | ||
+ | |||
+ | Pour utiliser '' | ||
+ | <file bash> | ||
+ | export FI_PROVIDER=verbs | ||
+ | # Et si vous voulez avoir des informations de " | ||
+ | export FI_LOG_LEVEL=99 | ||
+ | export I_MPI_DEBUG=4 | ||
+ | </ | ||
+ | ==== Intégration avec SLURM ==== | ||
+ | Comme sur CALI2-A, il est conseillé de lancer les programmes MPI via '' | ||
+ | |||
+ | ===== Logiciels disponibles ===== | ||
+ | Les anciens logiciels de CALI2-A ont été recopiés et sont donc toujours accessibles via les // | ||
+ | |||
+ | * Si vous obtenez une erreur '' | ||
+ | * Si vous obtenez une autre erreur '' | ||
+ | |||
+ | Si ces mesures ne sont pas suffisantes, | ||
+ | |||
+ | __Note__ Nous vous rappelons aussi que sous Linux, vous pouvez installer tous les logiciels souhaités dans vos espaces disques, en totale autonomie -- suivant votre degré de familiarité avec ce système. |