Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
cali2-b:start [2022/02/15 19:07] montap01 [Suite GNU] |
cali2-b:start [2023/01/03 15:23] (Version actuelle) montap01 |
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
~~SLIDESHOW yatil~~ | ~~SLIDESHOW yatil~~ | ||
====== CALI VERSION 2-B ====== | ====== CALI VERSION 2-B ====== | ||
- | Une évolution logicielle majeure est en préparation | + | Une évolution logicielle majeure est passée |
- | Une phase transitoire est en cours, avec d'un côté, le cluster CALI dans son ancienne version | + | Vous trouverez ici les éléments importants à prendre |
- | Vous trouverez ici les éléments importants à prendre en compte pendant cette période. | + | ===== Connexion aux clusters ===== |
- | ===== Connexion | + | ==== Connexion |
- | Nom DNS pour se connecter : '' | + | Nom DNS pour se connecter |
- | Comme sur CALI2, la connexion est possible : | + | La connexion est possible : |
* Par SSH | * Par SSH | ||
* Par X2GO | * Par X2GO | ||
+ | |||
===== Espaces de stockage ===== | ===== Espaces de stockage ===== | ||
==== Home directory ==== | ==== Home directory ==== | ||
- | Le //home directory// **n' | + | Le //home directory// **n' |
- | * Vous pouvez retrouver l' | + | |
- | * Depuis CALI2, vous ne pouvez pas accéder au home de CALI2-B | + | |
==== Espace scratch ==== | ==== Espace scratch ==== | ||
L' | L' | ||
- | * Identique à celui de CALI2 | + | * Identique à celui de CALI2-A |
- | * Accessible via le lien '' | + | * Accessible |
===== Choix de l' | ===== Choix de l' | ||
- | Comme sur CALI, la commande '' | + | La commande '' |
- | A la différence de CALI2, aucun module n'est chargé par défaut. Sur CALI2, certains modules (compilateurs Intel, Intel MPI) étaient chargés par défaut -- **ce n'est plus le cas**. | + | A la différence de l' |
===== Slurm ===== | ===== Slurm ===== | ||
- | L' | + | L' |
* mêmes partitions | * mêmes partitions | ||
* mêmes limites | * mêmes limites | ||
+ | Cependant, des modifications ont été apportées pour permettre d' | ||
+ | |||
+ | ==== Partition GPU ==== | ||
+ | La partition '' | ||
+ | * elle donne maintenant accès à des cartes K20, K40m ou GTX 1080 Ti | ||
+ | * le type de carte voulue peut être précisé dans le job -- modifier la réservation pour ajouter le type : '' | ||
+ | * les cartes K40m et GTX1080Ti sont mises à disposition par des laboratoires qui les ont financés -- en contre-partie, | ||
+ | |||
+ | ==== Partitions CPU ==== | ||
+ | Les 3 partitions principales à utiliser pour du calcul CPU sont '' | ||
+ | * Ces partitions ont été étendues à des noeuds plus récents | ||
+ | * Tous ces noeuds ont un réseau Infiniband | ||
+ | * Comme pour les gpu, vous pouvez préciser le type de processeur, principalement '' | ||
===== Compilateurs ===== | ===== Compilateurs ===== | ||
==== Suite GNU ==== | ==== Suite GNU ==== | ||
* Vous disposez nativement de la suite GNU (gcc, g++, gfortran), en version 8.5, de la distribution AlmaLinux | * Vous disposez nativement de la suite GNU (gcc, g++, gfortran), en version 8.5, de la distribution AlmaLinux | ||
- | * Si vous avez besoin d' | + | * Si vous avez besoin d' |
==== Suite INTEL ==== | ==== Suite INTEL ==== | ||
* Les anciennes versions des compilateurs Intel sont toujours disponibles -- voir les versions disponibles avec '' | * Les anciennes versions des compilateurs Intel sont toujours disponibles -- voir les versions disponibles avec '' | ||
- | * Une nouvelle version, la suite OneAPI, a été installée | + | * Une nouvelle version, la suite OneAPI, a été installée |
===== MPI ===== | ===== MPI ===== | ||
- | Comme sur CALI2, deux familles de librairies MPI sont mises à disposition : OpenMPI et Intel MPI | + | Deux familles de librairies MPI sont mises à disposition : OpenMPI et Intel MPI |
Ligne 53: | Ligne 65: | ||
Une partie des noeuds du cluster est relié par un réseau haute performance Infiniband, de technologie //QLogic TrueScale// ou //Intel Infinipath// | Une partie des noeuds du cluster est relié par un réseau haute performance Infiniband, de technologie //QLogic TrueScale// ou //Intel Infinipath// | ||
- | La meilleure façon de faire fonctionner ce réseau consiste à utiliser une API appelée '' | + | La meilleure façon de faire fonctionner ce réseau consiste à utiliser une API appelée '' |
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</ | </ | ||
+ | Si vous avez besoin de déboguer la couche OpenMPI, vous pouvez ajouter ces variables : | ||
+ | <file bash> | ||
+ | export OMPI_MCA_pml_base_verbose=10 | ||
+ | export OMPI_MCA_mtl_base_verbose=10 | ||
+ | export OMPI_MCA_btl_base_verbose=10 | ||
+ | </ | ||
==== Intel MPI ==== | ==== Intel MPI ==== | ||
__Avertissement__ La librairie Intel MPI semble moins efficace qu' | __Avertissement__ La librairie Intel MPI semble moins efficace qu' | ||
Plusieurs versions sont disponibles : | Plusieurs versions sont disponibles : | ||
- | * les ancienns versions de CALI2 sont toujours disponibles -- voir les versions avec '' | + | * les ancienns versions de CALI2-A sont toujours disponibles -- voir les versions avec '' |
* une version issue de OneAPI est aussi disponible : '' | * une version issue de OneAPI est aussi disponible : '' | ||
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export I_MPI_DEBUG=4 | export I_MPI_DEBUG=4 | ||
</ | </ | ||
+ | |||
==== Intégration avec SLURM ==== | ==== Intégration avec SLURM ==== | ||
- | Comme sur CALI2, il est conseillé de lancer les programmes MPI via '' | + | Comme sur CALI2-A, il est conseillé de lancer les programmes MPI via '' |
===== Logiciels disponibles ===== | ===== Logiciels disponibles ===== | ||
- | Les anciens logiciels de CALI2 ont été recopiés et sont donc accessibles via les // | + | Les anciens logiciels de CALI2-A ont été recopiés et sont donc toujours |
+ | |||
+ | * Si vous obtenez une erreur '' | ||
+ | * Si vous obtenez une autre erreur '' | ||
- | Nous vous invitons donc à nous signaler les logiciels qui sont toujours nécessaires | + | Si ces mesures ne sont pas suffisantes, |
- | __Note__ Nous vous rappelons aussi que sous Linux, vous pouvez installer tous les logiciels souhaités dans vos espaces disques, suivant votre degré de familiarité avec ce système. | + | __Note__ Nous vous rappelons aussi que sous Linux, vous pouvez installer tous les logiciels souhaités dans vos espaces disques, |