Assisted Model Building with Energy Refinement : “Amber” refers to two things: a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (AmberTools, software in the public domain) ; and a package of molecular simulation programs.

• Site web : http://ambermd.org/
• Versions installées :
  • AmberTools (libre) : v14
  • Amber (payant) : v12 avec AmberTools v13

La compilation a été faite avec le support OpenMP (utilisable pour certains programmes comme paramfit ou NAB) et MPI. Les versions MPI des programmes sont postfixés avec .MPI, par exemple sandr.MPI : il s'agit de l'installation standard d'Amber, la documentation d'Amber s'applique.

Si vous utilisez le support GPU : vous devez citer des articles dans vos publications. Voir http://ambermd.org/gpus12/ section Citing the GPU Code

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Pour utiliser Amber 12 avec AmberTools 13 :

module load amber/12

Pour utiliser Amber 12 avec AmberTools 14 :

module load amber/12-tools14

Si vous utilisez un des programmes Amber parallélisé via OpenMP, vous devez suivre l' exemple Slurm pour OpenMP pour en tirer profit.

Une version GPU est compilée (http://ambermd.org/gpus12/). L'exécutable s'appelle pmemd.cuda et doit être exécuté sur le neoud GPU, voir les instructions s'appliquant à CALI sur la page GPU.

Vous devez charger en plus le module CUDA version 5.0 :

module load nvidia/cuda/5.0