Calcul en Limousin

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====== bcl2fastq ======
/* Description */
Logiciel de transformation de format des données de séquençage génétique.

  * Versions installées :
    * 2.17.1.14


===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//bcl2fastq// a été placé dans l'ensemble ''bio''


Pour charger seulement l'environnement de //bcl2fastq// dans une version particulière :
  module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

==== Utilisation avec slurm ====

Le logiciel //bcl2fastq// fonctionne **par défaut** en //multi-threadé//, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de le logiciel avec les bonnes options :!: 

Les options suivantes doivent être utilisées avec bcl2fastq : 

  * ''%%-r, --loading-threads%%'' : Number of threads used for loading BCL data. Default depends on architecture
  * ''%%-d, --demultiplexing-threads%%'' : Number of threads used for demultiplexing. Default depends on architecture
  * ''%%-p, --processing-threads%%'' Number of threads used for processing demultiplexed data. Default depends on architecture
  * ''%%-w, --writing-threads%%'' : Number of threads used for writing FASTQ data. This number must not be higher than number of samples. Default depends on architecture

Exemple de fichier slurm <file>
#!/bin/bash
#
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=300
#SBATCH --time 01:00:00

module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

./bcl2fastq --loading-threads 2 \
  --demultiplexing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --processing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --writing-threads 2
</file>

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