Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:bio:bcl2fastq [2016/03/18 09:15]
montap01 [Sélection de la version]
+++ logiciels:bio:bcl2fastq [2016/03/18 09:36] (Version actuelle)
montap01
@@ Ligne 17: / Ligne 17: @@
   module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14
+==== Utilisation avec slurm ====
+Le logiciel //bcl2fastq// fonctionne **par défaut** en //multi-threadé//, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de le logiciel avec les bonnes options :!:
+Les options suivantes doivent être utilisées avec bcl2fastq :
+  * ''%%-r, --loading-threads%%'' : Number of threads used for loading BCL data. Default depends on architecture
+  * ''%%-d, --demultiplexing-threads%%'' : Number of threads used for demultiplexing. Default depends on architecture
+  * ''%%-p, --processing-threads%%'' Number of threads used for processing demultiplexed data. Default depends on architecture
+  * ''%%-w, --writing-threads%%'' : Number of threads used for writing FASTQ data. This number must not be higher than number of samples. Default depends on architecture
+Exemple de fichier slurm <file>
+#!/bin/bash
+#
+#SBATCH --partition=normal
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --cpus-per-task=8
+#SBATCH --mem-per-cpu=300
+#SBATCH --time 01:00:00
+module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14
+./bcl2fastq --loading-threads 2 \
+  --demultiplexing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
+  --processing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
+  --writing-threads 2
+</file>

Calcul en Limousin