Beagle version 4.0 performs genotype calling, genotype phasing, imputation of ungenotyped markers, and identity-by-descent segment detection.

• Site web : http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html
• Versions installées :
  • 4.0

Les données human genetic maps et human reference panel ont été téléchargés sur CALI, voir le dossier /opt/software/beagle.

If you use Beagle in a published analysis, please report the program version and cite the following article:

S R Browning and B L Browning (2007) Rapid and accurate haplotype phasing and missing data inference for whole genome association studies by use of localized haplotype clustering. Am J Hum Genet 81:1084-97. doi:10.1086/521987

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Beagle a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de Beagle dans une version particulière :

module load bio/beagle/4.0

Le module positionne la variable d'environnement $BEAGLE_LIB, qui pointe sur le dossier contenant les fichiers jar de Beagle. Pour exécuter, vous devrez donc faire par exemple :

java -jar ${BEAGLE_LIB}/beagle.r1398.jar gt=... out=...