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logiciels:bio:bedtools

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logiciels:bio:bedtools [2014/10/16 11:02]
montap01 créée 		logiciels:bio:bedtools [2018/02/15 11:16] (Version actuelle)
montap01 [Bedtools]
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 /* Description */ /* Description */
 +Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genome. For example, bedtools allows one to intersect, merge, count, complement, and shuffle genomic intervals from multiple files in widely-used genomic file formats such as BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
  
   * Site web : https://github.com/arq5x/bedtools2   * Site web : https://github.com/arq5x/bedtools2
   * Documentation : http://bedtools.readthedocs.org   * Documentation : http://bedtools.readthedocs.org
   * Versions installées :   * Versions installées :
-    * 2.21.1+    * 2.21.0 
 +    * 2.27.1 
 +===== Citation ===== 
 +Extrait des conditions d'utilisation de //bedtools// :
  
-FIXME en cours+<code> 
 +Please cite the following article if you use BEDTools in your research*: 
 +  Quinlan AR and Hall IM, 2010. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.  
 +  Bioinformatics. 26, 6, pp. 841â<80><93>842.  
 + 
 +Also, if you use *pybedtools*, please cite the following. 
 +  Dale RK, Pedersen BS, and Quinlan AR. Pybedtools: a flexible Python library for manipulating genomic datasets  
 +  and annotations. Bioinformatics (2011). doi:10.1093/bioinformatics/btr539 
 +</code>
  
 ===== Utilisation ===== ===== Utilisation =====
 ==== Sélection de la version ==== ==== Sélection de la version ====
-Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]+Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]
  
-//Samtools// a été placé dans l'ensemble ''bio''+//Bedtools// a été placé dans l'ensemble ''bio''
  
 Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :  Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
   module load bio   module load bio
  
-Pour charger seulement l'environnement de //bedtools// en version 2.21.1 : +Pour charger seulement l'environnement de //bedtools// en version 2.21.0 : 
-  module load bio/bedtools/2.21.1+  module load bio/bedtools/2.21.0
logiciels/bio/bedtools.1413450162.txt.gz · Dernière modification: 2014/10/16 11:02 de montap01

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