Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one, taking into account biases in library preparation protocols.

• Site web : http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
• Versions installées :
  • 2.2.1

Note La version installée est la version livrée sous forme de binaires pré-compilés, l'installation à partir des sources se révélant problématique.

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Cufflinks a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de cufflinks en version 2.2.1 :

module load bio/cufflinks/2.2.1