Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Prochaine révision | Révision précédente | ||
logiciels:bio:gatk [2014/10/20 11:41] montap01 créée |
logiciels:bio:gatk [2017/03/09 15:46] (Version actuelle) montap01 [gatk] |
||
---|---|---|---|
Ligne 4: | Ligne 4: | ||
* Site web : https:// | * Site web : https:// | ||
* Versions installées : | * Versions installées : | ||
- | * 3.2-2 | + | * 3.2-2 (GATK et Queue) |
+ | * 3.7 (GATK et Queue) :!: nécessite en plus le chargement de [[../Java]] 1.8 | ||
===== Conditions d' | ===== Conditions d' | ||
+ | La licence est valide pour un **usage académique de recherche hors contrat**. | ||
+ | |||
Extrait de la licence : | Extrait de la licence : | ||
Ligne 13: | Ligne 17: | ||
===== Utilisation ===== | ===== Utilisation ===== | ||
==== Sélection de la version ==== | ==== Sélection de la version ==== | ||
- | Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]] | + | Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[: |
//gatk// a été placé dans l' | //gatk// a été placé dans l' | ||
Ligne 23: | Ligne 27: | ||
module load bio/ | module load bio/ | ||
+ | ==== Lancer GATK ou QUEUE ==== | ||
+ | |||
+ | Gatk (ou Queue) est une librairie JAVA. Vous devez suivre la documentation de gatk pour apprendre à lancer les commandes. Sur CALI, les fichier JAR sont installés sous le dossier '' | ||
+ | java -jar $GATK_HOME/ | ||
+ | |||
+ | avec dans cet exemple : | ||
+ | * '' | ||
+ | * '' | ||
+ | * '' | ||
==== Travailler avec slurm ==== | ==== Travailler avec slurm ==== | ||
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | ||
/* Exemples de batch spécifiques */ | /* Exemples de batch spécifiques */ |