The Integrative Genomics Viewer (IGV) is a high-performance visualization tool for interactive exploration of large, integrated genomic datasets. It supports a wide variety of data types, including array-based and next-generation sequence data, and genomic annotations.

• Site web : http://www.broadinstitute.org/software/igv/home
• Versions installées :
  • 2.3.36 (avec les igvtools)

To cite your use of IGV in your publication:

Helga Thorvaldsdóttir, James T. Robinson, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Briefings in Bioinformatics 2012.

James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24–26 (2011)

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

IGV a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de IGV en version 2.3.36 :

module load bio/IGV/2.3.36

• igv
• igvtools