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logiciels:bio:mapsplice

MapSplice

MapSplice is a software for mapping RNA-seq data to reference genome for splice junction discovery that depends only on reference genome, and not on any further annotations.

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

MapSplice n'est pas dans l'ensemble par défaut de bio. En effet, ce logiciel embarque sa propre version de samtools et de bowtie. Il y a donc incompatibilité entre le chargement de cet environnement et celui de ces autres logiciels :!:

Pour charger MapSplice, dans sa version par défaut :

module load bio/mapsplice

Pour charger seulement l'environnement de MapSplice en version 2.1.8 :

module load bio/mapsplice/2.1.8

Travailler avec slurm

logiciels/bio/mapsplice.txt · Dernière modification: 2014/12/04 19:55 de montap01