MapSplice is a software for mapping RNA-seq data to reference genome for splice junction discovery that depends only on reference genome, and not on any further annotations.

• Site web : http://www.netlab.uky.edu/p/bioinfo/
• Versions installées :
  • 2.1.8

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

MapSplice n'est pas dans l'ensemble par défaut de bio. En effet, ce logiciel embarque sa propre version de samtools et de bowtie. Il y a donc incompatibilité entre le chargement de cet environnement et celui de ces autres logiciels

Pour charger MapSplice, dans sa version par défaut :

module load bio/mapsplice

Pour charger seulement l'environnement de MapSplice en version 2.1.8 :

module load bio/mapsplice/2.1.8