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logiciels:bio:mira

MIRA

MIRA is a whole genome shotgun and EST sequence assembler for Sanger, 454, Solexa (Illumina), IonTorrent data and PacBio (the later at the moment only CCS and error-corrected CLR reads). It can be seen as a Swiss army knife of sequence assembly developed and used in the past 16 years to get assembly jobs done efficiently - and especially accurately. That is, without actually putting too much manual work into finishing the assembly.

  • Versions installées :
    • 4.0.2_gnu_x86_64_static (version livrée pré-compilé, compilateurs GNU, en statique)
    • 4.9.3_gnu_x86_64_static (version de développement, livrée pré-compilé, compilateurs GNU, en statique)

Utilisation

Sélection de la version

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

MIRA a été placé dans l'ensemble bio, mais n'est pas chargé par défaut.

Pour charger seulement l'environnement de MIRA dans une version particulière :

module load bio/mira/4.0.2_gnu_x86_64_static

Travailler avec slurm

logiciels/bio/mira.txt · Dernière modification: 2015/04/02 12:06 de montap01