A set of Java command line tools for manipulating high-throughput sequencing data (HTS) data and formats.

Picard is implemented using the HTSJDK Java library HTSJDK, supporting accessing of common file formats, such as SAM and VCF, used for high-throughput sequencing data.

• Site web : http://broadinstitute.github.io/picard/
• Versions installées :
  • 1.125

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Picard a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :

module load bio

Pour charger seulement l'environnement de Picard dans une version particulière :

module load bio/Picard/1.125

La documentation de Picard pour exécuter les commandes ne semble pas exacte. Un seul fichier JAR existe, et le nom de la commande devient le premier argument.

java -jar $PICARD <commande> <options>

Exemple :

java -jar $PICARD AddCommentsToBam INPUT=entree.bam OUTPUT=sortie.bam COMMENT="Test de Picard"