Calcul en Limousin

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====== vcftools ======

/* Description */
VCFtools is a program package designed for working with VCF files, such as those generated by the 1000 Genomes Project. The aim of VCFtools is to provide easily accessible methods for working with complex genetic variation data in the form of VCF files.

  * Site web : http://vcftools.sourceforge.net/
  * Versions installées :
    * 0.1.12b
    * 0.1.12b en définissant ''VCFTOOLS_PCA'' et avec librairie MKL séquentielle

===== Citation =====
Extrait du ''README'' livré avec le logiciel : 

<QUOTE>
Citation:
 If you make use of VCFtools in your research, we would appreciate a 
 citation of the following paper:

 The Variant Call Format and VCFtools, 
 Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers, 
 Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert Handsaker, Gerton Lunter, 
 Gabor Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean, Richard Durbin 
 and 1000 Genomes Project Analysis Group, Bioinformatics, 2011
    
 http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr330
</QUOTE>

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

//vcftools// a été placé dans l'ensemble ''bio''

Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut : 
  module load bio

Pour charger seulement l'environnement de //vcftools// en version 0.1.12b :
  module load bio/vcftools/0.1.12b
==== Travailler avec slurm ====
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
/* Exemples de batch spécifiques */

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