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logiciels:bio:vcftools

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   * Site web : http://vcftools.sourceforge.net/   * Site web : http://vcftools.sourceforge.net/
   * Versions installées :   * Versions installées :
-    * +    * 0.1.12b 
 +    * 0.1.12b en définissant ''VCFTOOLS_PCA'' et avec librairie MKL séquentielle
  
-FIXME Installation en cours+===== Citation ===== 
 +Extrait du ''README'' livré avec le logiciel :  
 + 
 +<QUOTE> 
 +Citation: 
 + If you make use of VCFtools in your research, we would appreciate a  
 + citation of the following paper: 
 + 
 + The Variant Call Format and VCFtools,  
 + Petr Danecek, Adam Auton, Goncalo Abecasis, Cornelis A. Albers,  
 + Eric Banks, Mark A. DePristo, Robert Handsaker, Gerton Lunter,  
 + Gabor Marth, Stephen T. Sherry, Gilean McVean, Richard Durbin  
 + and 1000 Genomes Project Analysis Group, Bioinformatics, 2011 
 +     
 + http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr330 
 +</QUOTE>
  
 ===== Utilisation ===== ===== Utilisation =====
 ==== Sélection de la version ==== ==== Sélection de la version ====
-Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]+Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]] 
 + 
 +//vcftools// a été placé dans l'ensemble ''bio''
  
-Par exemple :  +Pour charger l'ensemble des logiciels de Bio, dans leurs versions par défaut :  
-  module load vcftools+  module load bio
  
 +Pour charger seulement l'environnement de //vcftools// en version 0.1.12b :
 +  module load bio/vcftools/0.1.12b
 ==== Travailler avec slurm ==== ==== Travailler avec slurm ====
 /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
 /* Exemples de batch spécifiques */ /* Exemples de batch spécifiques */
logiciels/bio/vcftools.1413903454.txt.gz · Dernière modification: 2014/10/21 16:57 de montap01