Calcul en Limousin

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====== GAUSSIAN ======
{{description>Logiciel de modélisation moléculaire et chimie théorique.}}

Logiciel de modélisation moléculaire et chimie théorique.

Gaussian 09 is the latest version of the Gaussian® series of electronic structure programs, used by chemists, chemical engineers, biochemists, physicists and other scientists worldwide. Starting from the fundamental laws of quantum mechanics, Gaussian 09 predicts the energies, molecular structures, vibrational frequencies and molecular properties of molecules and reactions in a wide variety of chemical environments. Gaussian 09’s models can be applied to both stable species and compounds which are difficult or impossible to observe experimentally (e.g., short-lived intermediates and transition structures)

  * Site web :  http://www.gaussian.com/g_prod/g09.htm
  * Versions installées :
    * g09
  * Documentation : toute la documentation est disponible [[http://www.gaussian.com/g_tech/g09ur.htm | chez l'éditeur]]

<note>
Ce logiciel payant a été acheté par un laboratoire et son accès est restreint. Veuillez nous contacter pour son utilisation.</note>

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]

Par exemple : 
  module load gaussian/g09

==== Mode parallèle ====
Gaussian peut fonctionner en parallèle, sur un noeud SMP. Il utilise un fichier en entrée, dans lequel on indique le nombre de coeurs à utiliser (directive ''%NProcShared'') 16 au maximum au vu de nos noeuds de calcul. Voir l'exemple de script PBS ci-dessous.

Il peut aussi fonctionner en mode distribué, sur plusieurs noeuds (avec Linda) ; mais nous n'avons pas cette version.


==== Répertoire scratch ====
Gaussian utilise un répertoire de scratch, temporaire. Ce répertoire est par défaut le répertoire courant, mais il peut être changé avec la variable d'environnement ''GAUSS_SCRDIR''. 

Pour slurm, nous conseillons d'utiliser un répertoire temporaire **local au noeud de calcul**, créé spécifiquement pour le job. Voir le fichier batch ci-dessous.

==== Mémoire ====

Il faut veiller à contrôler l'utilisation mémoire : la directive ''%Mem'' contrôle la quantité de mémoire dynamique utilisée par Gaussian (par défaut, 256 Mo). A adapter en fonction de vos besoins et à corréler avec votre réservation mémoire.

==== Travailler avec slurm ====

Dans l'exemple qui suit, Gaussian va utiliser deux coeurs. Le fichier Gaussian (ici ''HOH.com'') doit comporter la directive ''%NProcShared=2'', et le script slurm doit réserver deux CPU (coeurs) pour le processus. On demande en plus 2,5 Go de mémoire et un temps d'exécution de 8h, placé sur la partition ''24h'' :

<file>
#!/bin/bash

#SBATCH --partition=24h
#SBATCH --qos=24h

#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=2

#SBATCH --mem=2500
#SBATCH --time=08:00:00

module load gaussian/g09

# On crée un répertoire temporaire, qui sera dans le dossier temporaire système
# et dans un sous-dossier par utilisateur et job_id
export GAUSS_SCRDIR=$TMPDIR/$USER/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $GAUSS_SCRDIR

g09 < HOH.com
</file>
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