Calcul en Limousin

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====== IGOR ======
IGoR is a C++ software designed to infer V(D)J recombination related processes from sequencing data such as:

  * Recombination model probability distribution
  * Hypermutation model
  * Best candidates recombination scenarios
  * Generation probabilities of sequences (even hypermutated)

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  * Site web : https://github.com/qmarcou/IGoR/
  * Versions installées :
    * 1.4.0

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]

Par exemple : 
  module load igor/1.4.0

==== Utilisation sous Slurm ====

Par défaut, IGoR est compilé avec OpenMP et **utilise le nombre max de threads**. 

Autrement dit, si vous soumettez un //job// qui ne réserve qu'un seul CPU/coeur, et que vous lancez simplement ''igor'', le programme va détecter 16 CPUs sur le noeud de calcul. Igor lancera alors 16 //threads// OpenMP. Mais Slurm limite votre job a un seul CPU : donc les 16 //threads// vont en réalité s'exécuter sur un seul coeur, ce qui ralentira considérablement l'exécution.

Quand vous utilisez ''igor'' en lançant un //job// sous //slurm//, vous devez donc : 

  - faire une réservation en demandant un certains nombre de coeurs. Exemple si vous voulez demander 8 coeurs (cpu) : <code>
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
</code>
  - et ajouter l'option ''-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK'' lors de l'appel à ''igor''

Référence : https://qmarcou.github.io/IGoR/#general-commands-summary

===== Notes sur l'installation =====
Les sources ont été compilées avec GCC 6.4, les versions compilées avec GCC 8 ou 9 "plantent".

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