Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:igor [2021/07/13 15:40]
montap01 créée
+++ logiciels:igor [2021/09/01 16:02] (Version actuelle)
montap01 [Utilisation sous Slurm]
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 ====== IGOR ======
-/* Description */
+IGoR is a C++ software designed to infer V(D)J recombination related processes from sequencing data such as:
+  * Recombination model probability distribution
+  * Hypermutation model
+  * Best candidates recombination scenarios
+  * Generation probabilities of sequences (even hypermutated)
+-----
   * Site web : https://github.com/qmarcou/IGoR/
   * Versions installées :
     * 1.4.0
 ===== Utilisation =====
@@ Ligne 14: / Ligne 19: @@
   module load igor/1.4.0
+==== Utilisation sous Slurm ====
+Par défaut, IGoR est compilé avec OpenMP et **utilise le nombre max de threads**.
+Autrement dit, si vous soumettez un //job// qui ne réserve qu'un seul CPU/coeur, et que vous lancez simplement ''igor'', le programme va détecter 16 CPUs sur le noeud de calcul. Igor lancera alors 16 //threads// OpenMP. Mais Slurm limite votre job a un seul CPU : donc les 16 //threads// vont en réalité s'exécuter sur un seul coeur, ce qui ralentira considérablement l'exécution.
+Quand vous utilisez ''igor'' en lançant un //job// sous //slurm//, vous devez donc :
+  - faire une réservation en demandant un certains nombre de coeurs. Exemple si vous voulez demander 8 coeurs (cpu) : <code>
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --cpus-per-task=8
+</code>
+  - et ajouter l'option ''-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK'' lors de l'appel à ''igor''
+Référence : https://qmarcou.github.io/IGoR/#general-commands-summary
+===== Notes sur l'installation =====
+Les sources ont été compilées avec GCC 6.4, les versions compilées avec GCC 8 ou 9 "plantent".

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