Calcul en Limousin

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====== Matlab ======
{{description>Matlab est un langage de haut niveau et un environnement interactif pour le calcul numérique, la visualisation et la programmation.}}

MATLAB® est un logiciel commercial développé par la société Mathworks. Matlab est un langage de haut niveau et un environnement interactif pour le calcul numérique, la visualisation et la programmation.

  * Site web : http://www.mathworks.fr/products/matlab/
  * Versions installées :
    * 2007b
    * 2008a
    * R2014a
    * R2017b
    * R2019b

<note warning>
CALI ne dispose pas de licences Matlab. Vous devrez donc utiliser des licences flottantes de votre laboratoire pour pouvoir exécuter ce logiciel.
</note>

===== Utilisation =====
==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]

Par exemple : 
  module load matlab/R2014a
  
==== Indiquer votre gestionnaire de licences ====
Pré-requis : 
  - Votre laboratoire doit disposer d'un //gestionnaire de licences flottantes//
  - Vous devez connaître le //nom DNS// de ce gestionnaire de licences, et le //numéro de port// utilisé
  - L'accès réseau au gestionnaire doit être ouvert depuis CALI

Une fois ces conditions remplies, positionnez une variable d'environnement dans votre terminal connecté à CALI : 
<file bash>
export MLM_LICENSE_FILE <PORT>@<NOM_SERVEUR_LICENCES>
</file>
en remplaçant ''<PORT>'' par le numéro de port réseau, et ''<NOM_SERVEUR_LICENCES>'' par le nom DNS (ou l'adresse IP) de votre serveur de licences.


==== Travailler avec slurm en mode séquentiel ====

Le principe consiste à préparer un fichier de commande matlab, puis à lancer dans le job slurm le logiciel matlab en lui demandant d'exécuter ce fichier de commandes.


Ci-dessous un exemple qui calcule la produit de deux matrices et sauve la résultat dans un fichier de sortie au format matlab ''out.mat''

  - Préparation du script matlab, dans le fichier ''matmul.m''<file>
% Creation de deux matrices aleatoires 100x100
A=rand(100);
B=rand(100);

% Produit matriciel
AB=A*B;

disp(sprintf('Somme de tous les elements de AB : %12.5f', sum(AB(:))));

% Sauvegarde du resultat dans "out.mat"
save out.mat AB;
</file>
  - Préparation du job slurm (fichier ''matmul.sbatch'') <file>
#!/bin/bash 
#
#SBATCH --partition=rapide
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=1000
#SBATCH --time=00:30:00

module load matlab
matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -singleCompThread -r "matmul, exit"
</file>
  - Soumission du travail <code>
sbatch matmul.sbatch
</code>

:!: Notez que : 
  * l'option ''-singleCompThread'' demande à matlab de n'utiliser qu'un seul //thread//, car nous avons demandé dans les réservation slurm une seule CPU
  * la commande ''exit'' est nécessaire dans les commandes matlab pour quitter le logiciel à la fin de l'exécution de matmul. En l'absence de cette commande, matlab resterait  en attente de commande, sans "rendre la main"
  * la quantité de mémoire demandée, et le temps prévisionnel d'exécution, sont à adapter pour votre script. N'oubliez pas que slurm tuera le job si la consommation de mémoire ou la durée excédent ce qui est demandé
  * vous devez choisir la partition en fonction de vos besoins (voir l'article sur [[:slurm:les-bases | les base de slurm]])

==== Execution sous slurm en multi-threadé ====
Sans l'option ''-singleCompThread'', matlab utilisera tous les coeurs disponibles sur la machine. On peut également utiliser la commande (**obsolète**) ''maxNumCompThreads'' pour limiter le nombre de threads matlab.

Il faut alors que votre réservation //slurm// corresponde au nombre de threads utilisés par matlab.

  * Solution 1 : vous réservez un noeud entier et vous laissez matlab utiliser tous les threads
  * Solution 2 : vous indiquez dans slurm une réservation de N coeurs et vous faites appel à la fonction matlab ''maxNumCompThreads'' pour limiter le nombre de thread matlab

Pour reprendre l'exemple précédent : 
  - Script ''matmul.m'' <file>
cpus=str2num(getenv('SLURM_CPUS_PER_TASK'))
maxNumCompThreads(cpus);
disp(sprintf('Max number of threads : %d', maxNumCompThreads));

% Creation de deux matrices aleatoires 100x100
A=rand(100);
B=rand(100);

% Produit matriciel
AB=A*B;

disp(sprintf('Somme de tous les elements de AB : %12.5f', sum(AB(:))));

% Sauvegarde du resultat dans "out.mat"
save out.mat AB;
</file>
  - Script ''matmul.sbatch'' <file>
#!/bin/bash 
#SBATCH --partition=rapide
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=1000
#SBATCH --time=00:30:00

module load matlab
echo "Nombre de cpu : $SLURM_CPUS_PER_TASK" 
matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -r "matmul, exit"
</file>
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