Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:matlab [2014/10/02 18:57]
montap01 [Matlab]
+++ logiciels:matlab [2023/10/16 12:21] (Version actuelle)
montap01
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 ====== Matlab ======
+{{description>Matlab est un langage de haut niveau et un environnement interactif pour le calcul numérique, la visualisation et la programmation.}}
+MATLAB® est un logiciel commercial développé par la société Mathworks. Matlab est un langage de haut niveau et un environnement interactif pour le calcul numérique, la visualisation et la programmation.
-MATLAB® est un logiciel commercial développé par la société Mathworks. Matlab un langage de haut niveau et un environnement interactif pour le calcul numérique, la visualisation et la programmation.
   * Site web : http://www.mathworks.fr/products/matlab/
   * Versions installées :
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     * 2008a
     * R2014a
+    * R2017b
+    * R2019b
-==== Toolbox ====
+<note warning>
-Matlab fonctionne avec des extensions appelées //toolbox//. Les toolbox nécessitent des licences additionnelles.
+CALI ne dispose pas de licences Matlab. Vous devrez donc utiliser des licences flottantes de votre laboratoire pour pouvoir exécuter ce logiciel.
+</note>
-Toolbox disponibles sur CALI :
-  MATLAB
-  Image Processing Toolbox
-  Optimization Toolbox
-  Partial Differential Equation Toolbox
-  Signal Processing Toolbox
-  System Identification Toolbox
 ===== Utilisation =====
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 Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]
-==== Travailler avec slurm ====
+Par exemple :
-Voir les exemples pour [[octave]]
+  module load matlab/R2014a
+==== Indiquer votre gestionnaire de licences ====
+Pré-requis :
+  - Votre laboratoire doit disposer d'un //gestionnaire de licences flottantes//
+  - Vous devez connaître le //nom DNS// de ce gestionnaire de licences, et le //numéro de port// utilisé
+  - L'accès réseau au gestionnaire doit être ouvert depuis CALI
+Une fois ces conditions remplies, positionnez une variable d'environnement dans votre terminal connecté à CALI :
+<file bash>
+export MLM_LICENSE_FILE <PORT>@<NOM_SERVEUR_LICENCES>
+</file>
+en remplaçant ''<PORT>'' par le numéro de port réseau, et ''<NOM_SERVEUR_LICENCES>'' par le nom DNS (ou l'adresse IP) de votre serveur de licences.
+==== Travailler avec slurm en mode séquentiel ====
+Le principe consiste à préparer un fichier de commande matlab, puis à lancer dans le job slurm le logiciel matlab en lui demandant d'exécuter ce fichier de commandes.
+Ci-dessous un exemple qui calcule la produit de deux matrices et sauve la résultat dans un fichier de sortie au format matlab ''out.mat''
+  - Préparation du script matlab, dans le fichier ''matmul.m''<file>
+% Creation de deux matrices aleatoires 100x100
+A=rand(100);
+B=rand(100);
+% Produit matriciel
+AB=A*B;
+disp(sprintf('Somme de tous les elements de AB : %12.5f', sum(AB(:))));
+% Sauvegarde du resultat dans "out.mat"
+save out.mat AB;
+</file>
+  - Préparation du job slurm (fichier ''matmul.sbatch'') <file>
+#!/bin/bash
+#
+#SBATCH --partition=rapide
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --mem-per-cpu=1000
+#SBATCH --time=00:30:00
+module load matlab
+matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -singleCompThread -r "matmul, exit"
+</file>
+  - Soumission du travail <code>
+sbatch matmul.sbatch
+</code>
+:!: Notez que :
+  * l'option ''-singleCompThread'' demande à matlab de n'utiliser qu'un seul //thread//, car nous avons demandé dans les réservation slurm une seule CPU
+  * la commande ''exit'' est nécessaire dans les commandes matlab pour quitter le logiciel à la fin de l'exécution de matmul. En l'absence de cette commande, matlab resterait  en attente de commande, sans "rendre la main"
+  * la quantité de mémoire demandée, et le temps prévisionnel d'exécution, sont à adapter pour votre script. N'oubliez pas que slurm tuera le job si la consommation de mémoire ou la durée excédent ce qui est demandé
+  * vous devez choisir la partition en fonction de vos besoins (voir l'article sur [[:slurm:les-bases | les base de slurm]])
+==== Execution sous slurm en multi-threadé ====
+Sans l'option ''-singleCompThread'', matlab utilisera tous les coeurs disponibles sur la machine. On peut également utiliser la commande (**obsolète**) ''maxNumCompThreads'' pour limiter le nombre de threads matlab.
+Il faut alors que votre réservation //slurm// corresponde au nombre de threads utilisés par matlab.
+  * Solution 1 : vous réservez un noeud entier et vous laissez matlab utiliser tous les threads
+  * Solution 2 : vous indiquez dans slurm une réservation de N coeurs et vous faites appel à la fonction matlab ''maxNumCompThreads'' pour limiter le nombre de thread matlab
+Pour reprendre l'exemple précédent :
+  - Script ''matmul.m'' <file>
+cpus=str2num(getenv('SLURM_CPUS_PER_TASK'))
+maxNumCompThreads(cpus);
+disp(sprintf('Max number of threads : %d', maxNumCompThreads));
+% Creation de deux matrices aleatoires 100x100
+A=rand(100);
+B=rand(100);
+% Produit matriciel
+AB=A*B;
+disp(sprintf('Somme de tous les elements de AB : %12.5f', sum(AB(:))));
+% Sauvegarde du resultat dans "out.mat"
+save out.mat AB;
+</file>
+  - Script ''matmul.sbatch'' <file>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --partition=rapide
+#SBATCH --ntasks=1
+#SBATCH --cpus-per-task=4
+#SBATCH --mem-per-cpu=1000
+#SBATCH --time=00:30:00
+module load matlab
+echo "Nombre de cpu : $SLURM_CPUS_PER_TASK"
+matlab -nojvm -nosplash -nodisplay -r "matmul, exit"
+</file>

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