Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:r [2014/10/02 19:34]
montap01 créée
+++ logiciels:r [2022/01/14 12:08] (Version actuelle)
montap01 [R]
@@ Ligne 3: / Ligne 3: @@
   * Site web : http://www.r-project.org/
-  * Version : 3.1.1
+  * Versions :
+    * 3.0.3
+    * 3.1.1 (version par défaut)
+    * 3.1.2
+    * 3.2.2
+    * 3.2.3-gnu
+    * 3.4.2
+    * 3.5.3-gnu+mkl
+    * 4.0.0-gnu+mkl
+    * 4.1.0-gnu+mkl
-FIXME installation en cours
+Compilateur et librairies mathématiques utilisés :
+  * sans autre indication, R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP
+  * les versions ''-gnu'' sont compilées avec la suite de compilateurs GNU, éventuellement avec la librairie Intel MKL (''+mkl'')
+Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html
+Des //packages// additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.
+===== Module parallèle Rmpi =====
+Rmpi est installé.
+===== Utilisation =====
+==== Sélection de la version ====
+Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]
+Par exemple :
+  module load R/3.1.1
+__Dépendances__
+  - L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un [[intel-composer#choix_de_la_version | environnement configuré pour ce compilateur]] sinon vous aurez une erreur ''... error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file ...''
+==== Utilisation en mode batch ====
+Vous devez :
+  - créer un fichier de commandes R
+  - puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier
+Exemple :
+  * Fichier d'input ''hello.r'' <file>
+print ('Hello')
+q(save="no")
+</file>
+  * Fichier batch pour slurm ''hello.sbatch'' <file>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --job-name=hello_R
+#SBATCH --partition=rapide
+#SBATCH --qos=rapide
+# !! Si vous faites des "vrais" calculs : donner le nombre de CPU, le temps et la mémoire nécessaires
+module load R/3.1.1
+R --no-save < hello.r
+</file>
+  * Et on soumet le batch <code>
+sbatch hello.sbatch
+</code>
+===== Modules additionnels de R =====
+Des modules additionnels de R, issus du //CRAN//, ont été installés dans les librairies systèmes. Pour connaître la liste des modules disponibles, vous pouvez utilisez la commande ''installed.packages'' de R.
+En plus des emplacements systèmes, d'autres dépôts de modules sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier ''.Renviron'' dans votre //home directory//.
+  * Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix <file>
+R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix
+</file>

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