Calcul en Limousin

Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur.
====== R ======
R is a free software environment for statistical computing and graphics.

  * Site web : http://www.r-project.org/
  * Versions :
    * 3.0.3 
    * 3.1.1 (version par défaut)
    * 3.1.2
    * 3.2.2
    * 3.2.3-gnu
    * 3.4.2
    * 3.5.3-gnu+mkl
    * 4.0.0-gnu+mkl
    * 4.1.0-gnu+mkl

Compilateur et librairies mathématiques utilisés : 
  * sans autre indication, R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP
  * les versions ''-gnu'' sont compilées avec la suite de compilateurs GNU, éventuellement avec la librairie Intel MKL (''+mkl'')

Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

Des //packages// additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.

===== Module parallèle Rmpi =====
Rmpi est installé.
===== Utilisation =====

==== Sélection de la version ====
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]

Par exemple : 
  module load R/3.1.1

__Dépendances__
  - L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un [[intel-composer#choix_de_la_version | environnement configuré pour ce compilateur]] sinon vous aurez une erreur ''... error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file ...''

==== Utilisation en mode batch ====
Vous devez : 
  - créer un fichier de commandes R 
  - puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier

Exemple :
  * Fichier d'input ''hello.r'' <file>
print ('Hello')
q(save="no")
</file>
  * Fichier batch pour slurm ''hello.sbatch'' <file>
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hello_R
#SBATCH --partition=rapide
#SBATCH --qos=rapide
# !! Si vous faites des "vrais" calculs : donner le nombre de CPU, le temps et la mémoire nécessaires

module load R/3.1.1

R --no-save < hello.r
</file>
  * Et on soumet le batch <code>
sbatch hello.sbatch
</code>


===== Modules additionnels de R =====
Des modules additionnels de R, issus du //CRAN//, ont été installés dans les librairies systèmes. Pour connaître la liste des modules disponibles, vous pouvez utilisez la commande ''installed.packages'' de R.

En plus des emplacements systèmes, d'autres dépôts de modules sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier ''.Renviron'' dans votre //home directory//.

  * Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix <file>
R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix
</file>
Calcul en Limousin

Outils pour utilisateurs

Outils du site

Outils de la page
