Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
logiciels:vmd [2014/10/07 21:46] montap01 [Travailler avec slurm] |
logiciels:vmd [2017/09/12 19:24] (Version actuelle) montap01 [VMD avec GPU sous slurm] |
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Ligne 4: | Ligne 4: | ||
VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting | VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting | ||
- | Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il a besoin d'utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l' | + | Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il peut utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l' |
* Site web : http:// | * Site web : http:// | ||
Ligne 10: | Ligne 10: | ||
* 1.9.1 | * 1.9.1 | ||
+ | |||
+ | ==== Citer VMD ==== | ||
+ | Si vous utilisez VMD, il vous est demandé de le citer dans vos articles de recherche. Voir les instructions http:// | ||
===== Utilisation ===== | ===== Utilisation ===== | ||
Ligne 18: | Ligne 21: | ||
module load vmd/1.9.1 | module load vmd/1.9.1 | ||
- | ==== Travailler | + | ==== VMD avec GPU sous slurm ==== |
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | ||
/* Exemples de batch spécifiques */ | /* Exemples de batch spécifiques */ | ||
+ | |||
+ | VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster. | ||
Nous allons ici utiliser un mode // | Nous allons ici utiliser un mode // | ||
Ligne 29: | Ligne 34: | ||
module load vmd | module load vmd | ||
- | srun --x11=first -p gpu vmd | + | srun.x11 --gres=gpu -p gpu |
+ | # Une fois le shell établi avec un noeud de calcul : | ||
+ | | ||
- | Cette commande '' | + | Cette commande '' |
+ | * une CPU (valeur par défaut) | ||
+ | * la réservation d'une GPU | ||
+ | * le déport d' | ||
+ | * puis lance un shell interactif, dans lequel vous pouvez exécuter | ||
- | Si un noeud est libre sur la partition '' | + | Si un noeud est libre sur la partition '' |