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logiciels:vmd

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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logiciels:vmd [2014/10/09 20:32]
montap01 [Travailler avec slurm]
logiciels:vmd [2017/09/12 19:24] (Version actuelle)
montap01 [VMD avec GPU sous slurm]
Ligne 10: Ligne 10:
     * 1.9.1     * 1.9.1
  
 +
 +==== Citer VMD ====
 +Si vous utilisez VMD, il vous est demandé de le citer dans vos articles de recherche. Voir les instructions http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/cite.html
  
 ===== Utilisation ===== ===== Utilisation =====
Ligne 18: Ligne 21:
   module load vmd/1.9.1   module load vmd/1.9.1
  
-==== Travailler avec slurm sur le noeud GPU ====+==== VMD avec GPU sous slurm ====
 /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
 /* Exemples de batch spécifiques */ /* Exemples de batch spécifiques */
 +
 +VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster.
  
 Nous allons ici utiliser un mode //interactif// de slurm, et non pas le mode //batch// Nous allons ici utiliser un mode //interactif// de slurm, et non pas le mode //batch//
Ligne 29: Ligne 34:
  
   module load vmd   module load vmd
-  srun --x11=first -p gpu vmd+  srun.x11 --gres=gpu -p gpu 
 +  # Une fois le shell établi avec un noeud de calcul : 
 +  vmd
  
-Cette commande ''srun'' demande une CPU sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla, avec déport d'affichage X11puis lance l'exécutable ''vmd''.+Cette commande ''srun'' demande 
 +  * une CPU (valeur par défaut) sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla 
 +  * la réservation d'une GPU 
 +  * le déport d'affichage X11 
 +  * puis lance un shell interactif, dans lequel vous pouvez exécuter ''vmd''
  
-Si un noeud est libre sur la partition ''gpu'', ''vmd'' se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...+Si un noeud est libre sur la partition ''gpu'', le shell interactif se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...
logiciels/vmd.1412879538.txt.gz · Dernière modification: 2014/10/09 20:32 de montap01