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logiciels:vmd

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logiciels:vmd [2014/10/07 21:43]
montap01 créée 		logiciels:vmd [2017/09/12 19:24] (Version actuelle)
montap01 [VMD avec GPU sous slurm]
Ligne 4: Ligne 4:
 VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting
  
-Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il a besoin d'utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l'utiliser sous slurm, en mode interactif.+Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il peut utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l'utiliser sous slurm, en demandant l'accès aux noeuds GPU et en mode interactif.
  
   * Site web : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/   * Site web : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Ligne 10: Ligne 10:
     * 1.9.1     * 1.9.1
  
 +
 +==== Citer VMD ====
 +Si vous utilisez VMD, il vous est demandé de le citer dans vos articles de recherche. Voir les instructions http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/cite.html
  
 ===== Utilisation ===== ===== Utilisation =====
Ligne 18: Ligne 21:
   module load vmd/1.9.1   module load vmd/1.9.1
  
-==== Travailler avec slurm ====+==== VMD avec GPU sous slurm ====
 /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
 /* Exemples de batch spécifiques */ /* Exemples de batch spécifiques */
 +
 +VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster.
  
 Nous allons ici utiliser un mode //interactif// de slurm, et non pas le mode //batch//.  Nous allons ici utiliser un mode //interactif// de slurm, et non pas le mode //batch//. 
Ligne 29: Ligne 34:
  
   module load vmd   module load vmd
-  srun --x11=first -p gpu vmd+  srun.x11 --gres=gpu -p gpu 
 +  # Une fois le shell établi avec un noeud de calcul : 
 +  vmd
  
-Cette commande ''srun'' demande une CPU sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla, avec déport d'affichage X11, puis lance l'exécutable ''vmd''.+Cette commande ''srun'' demande : 
 +  * une CPU (valeur par défaut) sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla 
 +  * la réservation d'une GPU 
 +  * le déport d'affichage X11 
 +  * puis lance un shell interactif, dans lequel vous pouvez exécuter ''vmd''
  
-Si une CPU est libre sur la partition ''gpu'', ''vmd'' se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...+Si un noeud est libre sur la partition ''gpu'', le shell interactif se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...
logiciels/vmd.1412710992.txt.gz · Dernière modification: 2014/10/07 21:43 de montap01

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