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VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting
Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il a besoin d'utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l'utiliser sous slurm, en demandant l'accès aux noeuds GPU et en mode interactif.
Nous allons ici utiliser un mode interactif de slurm, et non pas le mode batch.
En pré-requis, vous devez avoir ouvert une session avec le support X11 sur le frontal (Utilisation de NX, connexion avec l'option -X
de ssh, …).
Une fois connecté au frontal :
module load vmd srun --x11=first -p gpu vmd
Cette commande srun
demande une CPU sur la partition gpu
, celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla, avec déport d'affichage X11, puis lance l'exécutable vmd
.
Si une CPU est libre sur la partition gpu
, vmd
se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente…