Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:vmd [2014/10/09 20:32]
montap01 [Travailler avec slurm]
+++ logiciels:vmd [2017/09/12 19:24] (Version actuelle)
montap01 [VMD avec GPU sous slurm]
@@ Ligne 10: / Ligne 10: @@
     * 1.9.1
+==== Citer VMD ====
+Si vous utilisez VMD, il vous est demandé de le citer dans vos articles de recherche. Voir les instructions http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/cite.html
 ===== Utilisation =====
@@ Ligne 18: / Ligne 21: @@
   module load vmd/1.9.1
-==== Travailler avec slurm sur le noeud GPU ====
+==== VMD avec GPU sous slurm ====
 /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
 /* Exemples de batch spécifiques */
+VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster.
 Nous allons ici utiliser un mode //interactif// de slurm, et non pas le mode //batch//.
@@ Ligne 29: / Ligne 34: @@
   module load vmd
-  srun --x11=first -p gpu vmd
+  srun.x11 --gres=gpu -p gpu
+  # Une fois le shell établi avec un noeud de calcul :
+  vmd
-Cette commande ''srun'' demande une CPU sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla, avec déport d'affichage X11, puis lance l'exécutable ''vmd''.
+Cette commande ''srun'' demande :
+  * une CPU (valeur par défaut) sur la partition ''gpu'', celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla
+  * la réservation d'une GPU
+  * le déport d'affichage X11
+  * puis lance un shell interactif, dans lequel vous pouvez exécuter ''vmd''
-Si un noeud est libre sur la partition ''gpu'', ''vmd'' se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...
+Si un noeud est libre sur la partition ''gpu'', le shell interactif se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente...

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