VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting

Ce logiciel de visualisation n'est pas un outil de calcul. Cependant, il peut utiliser les cartes graphiques NVidia Tesla des noeuds GPU. Il faut alors l'utiliser sous slurm, en demandant l'accès aux noeuds GPU et en mode interactif.

• Site web : http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
• Versions installées :
  • 1.9.1

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load vmd/1.9.1

VMD fonctionne sur le noeud frontal, sans accélération GPU. Mais il peut aussi tirer profit des GPU installées sur le cluster.

Nous allons ici utiliser un mode interactif de slurm, et non pas le mode batch.

En pré-requis, vous devez avoir ouvert une session avec le support X11 sur le frontal (Utilisation de NX, connexion avec l'option -X de ssh, …).

Une fois connecté au frontal :

module load vmd
srun --x11=first --gres=gpu -p gpu vmd

Cette commande srun demande une CPU sur la partition gpu, celle qui contient les noeuds avec les cartes graphiques NVidia Tesla, avec déport d'affichage X11, puis lance l'exécutable vmd.

Si un noeud est libre sur la partition gpu, vmd se lancera immédiatement. Sinon, vous serez mis en attente…